Le souvenir traumatique présent dans l'amygdale (le centre de contrôle des émotions) considère que le danger est toujours présent.

 

Après un traumatisme, le cortex préfrontal (siège de différentes fonctions cognitives dites supérieures comme le langage, le raisonnement, les fonctions exécutives…) est éteint et ne semble plus communiquer avec le cerveau émotionnel, ce qui empêche d'intégrer que l'événement est alors passé.
De plus l'Aire de Broca (aire du langage) n'est plus active, ce qui empêche les victimes d'un traumatisme de mettre des mots sur ce qui est arrivé. Le cortex visuel est au contraire suractivé, ce qui rend le souvenir aussi précis qu'une photo.

Selon David Servan-Schreiber, l'EMDR pourrait se définir comme une « désensibilisation et un retraitement par les mouvements oculaires ».
En effet pendant les rêves, nous bougeons les yeux rapidement, le cerveau digère alors ce qui s'est passé pendant la journée et dans le passé, un travail de connexion s'établit pendant la nuit, nous permettant de relativiser.
Or, après un traumatisme, le travail de connexion ne se fait plus, l' EMDR permet donc de procéder à l'aboutissement du travail d'archivage.

« Le traitement par les mouvements oculaires pendant la séance d'EMDR, facilite la formation de nouvelles connexions entre les souvenirs du traumatisme. Un réseau se formerait, chaque souvenir paraissant se relier à un autre puis à un autre puis à un autre… Les souvenirs traumatiques, presque pris de vitesse, semblent alors remonter d'une connexion à une autre jusqu'au cortex préfrontal. Là il se connecte instantanément à notre connaissance de la vie, à notre expérience. Cette activité fait que notre cortex se rallume, les souvenirs traumatiques basculent dans l'univers de la raison et sont alors archivés dans le passé, l'amygdale s'éteint et le traumatisme est digéré » France 2 - Guérir autrement - Youki Vattier

Depuis 2004, l'EMDR est reconnu par l'INSERM comme une méthode efficace et rapide pour agir sur le syndrome du stress post-traumatique, qui était l'une des pathologies les plus difficiles à soigner.
Malgré le manque de compréhension et de précision des mécanismes d'actions de cette méthode, 18 études ont démontré que 80% des consultants n'avaient plus de symptômes après 3 séances.